申訴專員公署早前更新網站，刪除大量調查政府部門的報告及資料，僅保留2023年4月之後的調查報告、新聞稿、調解協作實例，以及2022/23年度起的兩份年報，之前的內容被移除，涉及至少230項調查報告。公署回覆傳媒查詢時表示，為方便公眾找到最新和最相關的報告，已更新網上資訊至最近3個年度；如欲索取網站以外的資料，可向公署提出書面要求。
公署網站資料本來可以追溯至2013年，但目前只保留2023年4月之後的調查報告，原詳列市民投訴個案的「《公開資料守則》個案」欄目更整個被刪除。2015年關於對公營房屋現有租户資格的審查和監察機制的報告、2020年關於社會福利署對護老中心的投訴的處理的報告等內容都被刪除。
公署解釋，設立網站的主要目的是發放最新及相關資訊，讓使用者可以便捷地了解公署工作；為確保網站內容準確，方便公眾找到最新和最相關的報告，以及更有效益管理網頁資訊，公署已更新網上資訊至最近3個年度。
署方表示，會不時檢視及更新網站上發布的內容，曾發布的資料會長期保存，並沒有刪除；市民如欲索取公署網站以外的資料，可向公署提出書面索取資料要求，公署會按《申訴專員條例》適當地處理。
中大新聞與傳播學院教授李立峯在接受《明報》訪問時表示，近年政府下架資訊似成趨勢，他質疑只要網絡結構清晰，放置大量內容也不會難找，並以圖書館作比喻，即使書籍因空間問題需放入倉庫，通常會有清晰目錄及借書指引，列明市民及政府權限。他認為若公署收起檔案卻不說明收起內容，便不合理；公署揭露政府過往缺失，清晰列出個案有利公眾知情權，有助建立公開透明形象，不應視為需隱藏之事。
政府檔案處前處長朱福強稱，若公署僅重整網站而非銷毁檔案，並容許公眾循《公開資料守則》索閱，程序上無問題；但若查閱申請被拒，按現有機制無其它方法處理，只能向公署申訴。他認為公署最新做法不僅損害市民知情權，亦間接影響政府公信力。
他預料公署內行政單位負責批准查閱，職能單位負責調查，投訴由不同單位處理，但若最終不獲批查閱，市民亦無計可施，因香港缺乏檔案法及資訊自由法，《公開資料守則》非法律，查閱檔案權利不受保障。
立法會議員江玉歡向《香港01》表示，不明白公署移除資料的原因，特別是公署負責處理投訴，是政府和市民間的重要橋樑；她質疑政府現在聲稱推動「智慧政府」，網站竟然連報告也放不了。@
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